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1. 东海带鱼(Trichiurus japanicus)肝脏转录组SSR和SNP特征分析
章霞 柳敏海 李凌刚 徐志进 李伟业 殷小龙 傅荣兵
   2019, 41 (4): 269-277.  
摘要120)      PDF (1937KB)(597)    收藏
本研究以东海带鱼转录组测序数据为基础,采用MISA软件进行SSR筛选,利用Samtools和GATK进行SNP筛选,并进行SSR和SNP的特征分析。结果共获得SSR 49311个,其中完整的微卫星共有44625个,复合型SSR数目为4687个。SSR片段长度11~374bp。重复长度小于20bp的序列,有30997条,其中长度在12~20bp的SSR为7523个,约占总数的29.35%,呈中等多态性,重复长度大于20bp长序列为13627个,约占总数的53.18%,呈较高多态性;共获得SNP 位点数876199 个,其中颠换335218个,转换540981个,转换、颠换比例为1.61:1。在非编码区的SNP 数量为578020个;在编码区的SNP总数298179个,在编码区的碱基转换类型中C->T占比最高,为22.09%。另本研究提供了SSR和SNP原始引物各10对。研究结果可为今后带鱼的分子标记开发、遗传连锁图谱构建以及种质资源保护等提供基础数据。
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2. 基于高通量测序的东海带鱼肠道菌群结构分析
油九菊 柳敏海 殷小龙 李伟业 傅荣兵 徐志进
   2018, 40 (6): 434-440.  
摘要90)      PDF (265KB)(585)    收藏
以东海带鱼为研究对象,利用高通量测序技术,分析了其肠道菌群结构特征。测序结果共获得36 129条有效序列,聚类到245个OUTs,有效序列中有4 条序列(0.01%) 无法进行物种分类,其余分属于16 个细菌门,共77个科、127个属。在门的水平上,相对丰度最高的是变形菌门(Proteobacteria,52.30%) ,其次为厚壁菌门(Fimiicutes,30.66%) ; 在属的水平上,以狐菌科(Vibrionaceae,49.38% ) 的发光杆菌属(Photohacterium,47.90%)、梭菌科 ( Clostridiaceae_ 1,25.40% ) 的分节丝状菌(Candidatus_ Arthromitus, 17.04% ) 为主。OTU稀释曲线逐渐趋于平缓,且覆盖率God’s Coverage指数为100%,表明样品测序深度足够大, OUT数量接近实际情况。
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